mst Defrag beinhaltet zwei Defragmentierungs-Modi.

- Hintergrundmodus

Im Hintergrundmodus (Überwachung) werden fortwährend alle ausgewählten Datenträger auf geänderte Daten überwacht. Sobald eine neue oder veränderte Datei gefunden wurde, wird sie in der Liste der zu prüfenden Dateien eingetragen. Wird der Computer von Benutzer nicht beansprucht oder sind die Umstände auf andere Art günstig, werden die vorgemerkten Dateien analysiert und gegebenenfalls defragmentiert. Dadurch wird sichergestellt, dass spätestens nach 5 Minuten eine fragmentierte Datei sich wieder in einem optimalen Zustand befindet.

Der einzigartige Vorteil des Hintergrundmodus besteht darin, dass die komplette Systemleistung jederzeit zur Verfügung steht und dass Performanceengpässe direkt an ihrer Wurzel bekämpft werden. Das macht den Hintergrundmodus gerade für Serversysteme ideal. Hier muss der Administrator nicht mehr zeitaufwendig die Defragmentierung von Hand starten oder auf umständliche Zeitplanerdienste zurückgreifen. mst Defrag sorgt automatisch für die optimale, maximale Leistung.
Der Hintergrundmodus ist der voreingestellte Modus, in dem mst Defrag arbeitet. Die Arbeitsweise lässt sich über die Benutzeroberfläche kontrollieren und beeinflussen. Sollten Sie die Netzwerkoberfläche verwenden, können Sie auch andere Computer in Ihrem Netzwerk direkt von Ihrem Arbeitsplatz optimieren.

Der Hintergrundmodus für einen Datenträger wird durch den Status Überwachung dargestellt.

- Manueller Modus

Im manuellen Modus lässt sich mst Defrag komplett über die grafische Oberfläche steuern. Der Benutzer kann Datenträger analysieren, die Belegung grafisch anzeigen und die Daten defragmentieren. Über den ClusterExplorer kann die Belegung der Datenträger analysiert werden. Sollten Sie die Netzwerkoberfläche verwenden, können Sie auch andere Computer in Ihrem Netzwerk von Ihrem Arbeitsplatz mühelos verwalten und optimieren.